Les Archives de l'Académie des sciences se sont constituées en tant qu'entité dans les années 1880. A partir de 1960, la gestion des archives se distingue de celle du secrétariat de l'Académie des sciences. Les Archives s'ouvrent davantage et accueillent le public dans une salle dédiée située dans l'aile Lebas du palais de l'Institut. 

En 1992, réserves et salle de lecture déménagent au 6e étage de l'aile Le Vau, où elles se trouvent aujourd'hui.

Les Archives ont en charge la gestion de la collecte, de la conservation, de la communication et de la valorisation de l'ensemble des archives de l'Académie des sciences, quel que soit leur support, comme défini dans le Code du Patrimoine.

Elles acquièrent par ailleurs des documents, des fonds, par achat ou voie de don.