Des membres de l'Académie, ou leurs familles, ont fait don de leurs archives à l'Académie des sciences. D'autres fonds sont entrés à la suite de dations ou d'acquisitions.
Plus d'une centaine sont conservés, d'importances matérielles variées allant de quelques dossiers à dix, quinze ou vingt mètres linéaires.

Leur liste figure à l'état général des fonds.

Parmi ces fonds se trouvent celui du mathématicien Gilles Personne de Roberval (1602-1675), l'un des sept membres de l'Académie royales des sciences à sa création, les archives du chimiste Antoine Lavoisier (1743-1793), celles du physicien et naturaliste Réaumur (1683-1757) ou encore le fonds André-Marie Ampère (1775-1836), mathématicien et physicien.

Ces fonds entrés par voie extraordinaire ont été produits du XVIIe au XXe siècles et touchent à diverses disciplines et branches des sciences. Plus d'une vingtaine concerne les mathématiques et la mécanique, une dizaine la physique, un peu moins pour la biologie, la géologie et la minéralogie, ainsi que pour la chimie.